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    徐健

    xujian@qibebt.ac.cn

    博士/研究员/单细胞中心主任

    功能基因组团队负责人

    单细胞分析部部长

     山东省能源生物遗传资源重点实验室主任

    学术委员会主任






    教育与研究背景:

        中国科学院青岛生物能源与过程所研究员、单细胞中心主任、功能基因组团队负责人;山东省能源生物遗传资源重点实验室主任。1997年北京大学生物技术学士,2003年华盛顿大学(Washington University in St Louis, USA)计算机科学硕士和生物化学博士。2004-08年于华盛顿大学遗传学系和基因组研究院任基因型组装和分析团队负责人。2008年入选中科院百人计划并全职加入中科院青岛生物能源与过程所。自2008年来主持国家自然科学基金委科学仪器基础研究专项、重大研究计划重点支持项目、重大国际合作、科技部创新方法工作专项、973课题、中科院重大科研装备研制等项目。获2013年中科院百篇优秀博士论文(作为导师)、首届中组部万人计划青年拔尖人才计划(2012)、科技部中青年科技创新领军人才推进计划(2013)、国家杰出青年基金(2014)等荣誉。

     

    研究方向:

    主要研究兴趣为单细胞水平的功能基因组学、系统生物学和合成生物学。围绕微生物高效整合生物加工(CBP)的原理和机制这一科学问题,通过单细胞分析仪器系列(Single-Cell Analysis Instrument SeriesSAIS)的合作研制和应用示范,揭示单细胞尺度的微生物群落调控与进化机制,设计与组装功能性的细胞群体。论文发表于Science、Cell Host Microbe、Nature Commu.、Plant Cell、PLoS BiologyPLoS GeneticsPNASBiotechnology AdvancesISME JAnalytical ChemistryBiotechnology for BiofuelsBioinformatics等80余篇,他引3200余次;专利或专利申请30项。担任mSystems,Algal Research, Scientific Reports等编委以及中国微生物学会国际合作委员会委员等。基于“单细胞拉曼分选仪”、“单细胞遗传分析仪”等创新科研仪器体系,其主持的单细胞和元基因组特色技术平台正支撑着来自9个国家的30多个产学研团队在能源、环境、海洋、健康、农业、地质等领域的微生物群落研究。全部论文列表和全文下载见:https://www.researchgate.net/profile/Jian_Xu8。


    代表性论文:




    1.    “Emerging trends for microbiome analysis: from single-cell functional imaging to microbiome big data”, Jian Xu, Bo Ma, Xiaoquan Su, Shi Huang, Xin Xu, Xuedong Zhou, Wei Huang, Rob Knight, Engineering, 2017, 3: 66–70

    2.    “Label-free, rapid and quantitative phenotyping of stress response via ramanome”, Lin Teng, Xian Wang, Xiaojun Wang, Lihui Ren, Tingting Wang, Yun Wang, Yuetong Ji, Wei E. Huang, Jian Xu, Sci Rep, 2016. DOI:10.1038/srep34359.

    3.    “RNAi-based targeted gene-knockdown in model oleaginous microalgae Nannochloropsis spp.”, Li Wei, Yi Xin, Qintao Wang, Juan Yang, Hanhua Hu, Jian Xu, The Plant Journal, 2016, DOI: 10.1111/tpj.13411.

    4.     “Genome editing of model oleaginous microalgae Nannochloropsis spp. by CRISPR/Cas9”, Qintao Wang, Yandu Lu, Yi Xin, Li Wei, Shi Huang,Jian Xu, The Plant Journal, 2016. DOI: 10.1111/tpj.13307.

    5.    “Raman Activated Cell Sorting Based on Dielectrophoretic Single-cell Trap and Release”, Zhang Peiran, Ren Lihui, Zhang Xu, Shan Yufei, Wang Yun, Ji Yuetong, Yin Huabin, Huang Wei E., Xu Jian, Ma Bo, Analytical Chemistry 2015, DOI: 10.1021/ac503974e.

    6.    “Prediction of early childhood caries via spatial-temporal variations of oral microbiota”, TENG F., YANG F., HUANG S., BO C., XU Z. Z., AMIR A., KNIGHT R., LING J., XU J., Cell Host & Microbe, 2015, 18(3): 296. 

    7.    “Cellulosome stoichiometry in clostridium cellulolyticum is regulated by selective rna processing and stabilization”, XU C., HUANG R., TENG L., JING X., HU J., CUI G., WANG Y., CUI Q., XU J., Nature Communications, 2015, 6: 6900. 

    8.    “Predictive modeling of gingivitis severity and susceptibility via oral microbiota”, HUANG S., LI R., ZENG X., HE T., ZHAO H., CHANG A., BO C., CHEN J., YANG F., KNIGHT R., LIU J., DAVIS C., XU J., ISME Journal, 2014, 8: 1768. 

    9.    “Choreography of transcriptomes and lipidomes of Nannochloropsis reveals the mechanisms of oil synthesis in microalgae”, LI J., HAN D., WANG D., NING K., JIA J., WEI L., JING X., HUANG S., CHEN J., LI Y. et al., Plant Cell, 2014, 26: 1645. 

    10.   “Nannochloropsis genomes reveal evolution of microalgal oleaginous traits”,    WANG D., NING  K., LI J., HU J., HAN D., WANG H., ZENG X., JING X.,  ZHOU Q., SU X. et al., PLoS Genetics,  2014, 10(1): e1004094. 

    11.   “Antagonistic roles of abscisic acid and cytokinin during response to nitrogen depletion in  oleaginous microalga Nannochloropsis oceanica expand the  evolutionary breadth of  phytohormone function”, LU Y., TARKOWSKA D., TURECKOVA V., LUO T. W., XIN Y., LI J.,  WANG Q. T., JIAO N. Z., STRNAD  M., XU J., Plant Journal, 2014, 80: 52. 

    12.   “The Thermoanaerobacter glycobiome reveals mechanisms of pentose and hexose co-  utilization in bacteria”, LIN L., SONG H., TU Q., QIN Y., ZHOU A.,  LIU W., HE Z., ZHOU J., XU  J., PLoS Genetics, 2011, 7(10): e1002318. 

    13.   “Evolution of symbiotic bacteria in the distal human intestine”, XU J., MAHOWALD M. A., LEY  R. E., LOZUPONE C. A., HAMADY M., MARTENS E. C.,  HENRISSAT B., COUTINHO P. M., MINX  P., LATREILLE P., CORDUM H., VAN BRUNT A., KIM K., FULTON R. S., FULTON L. A., CLIFTON S.  W., WILSON  R. K., KNIGHT R. D., GORDON J. I., PLoS Biology, 2007, 5(7): e156. 

    14.   “Honor thy symbionts”, XU J., GORDON J. I., Proceedings of the National Academy of Sciences  of the United States of America, 2003, 100(18):  10452. 

    15.   “A genomic view of the human-Bacteroides thetaiotaomicron symbiosis”, XU J., BJURSELL M.  K., HIMROD J., DENG S., CARMICHAEL L. K., CHIANG H.  C., HOOPER L. V., GORDON J. I.,  Science, 2003, 299(5615): 2074. 


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