研究队伍

软件部门
位置: 网站首页 > 研究队伍 > 员工 > 软件部门 > 正文
孙鲁阳
博士 / 研究员 / 博士生导师 / 国家级海外高层次引进人才
职务 单细胞中心副主任、软件组组长
邮箱 sunly@qibebt.ac.cn
研究方向 表观遗传调控基因表达
海洋微藻与微生物的功能适应机制与生态评估
单细胞拉曼光谱与测序组学融合分析
高通量拉曼光谱数据解析算法与方法学
个人简介

近年研究聚焦单细胞 Ramanome 与测序组学的融合分析,围绕“非标记表型信号如何指示细胞功能状态”的核心问题,致力于发展单细胞表型特征与分子调控信息的关联解析方法体系。针对高通量单细胞拉曼光谱在数据质量控制、特征表示与多维解析方面的关键挑战,系统构建了拉曼谱自动质控与分析框架,发展了 RamEx、VADER 等基于深度学习的高通量拉曼光谱分析算法与软件工具,并结合基因组与转录组数据,实现对单细胞功能状态的稳定刻画与比较分析。上述方法已在多种生物体系中得到验证与应用,包括海洋环境微生物的无监督分类、病原菌抗生素敏感性快速检测、肿瘤细胞转移潜能预测,以及硬骨鱼基因组组装、衰老相关分子调控状态分析等研究场景,展示了在复杂生物体系中连接表型特征与分子调控层级信息的分析潜力。相关成果发表于 Nature Aging、Protein & Cell、Microbiome、Communications Biology、Plant Communications、Analytical Chemistry 等期刊,并主持多项国家及省部级科研项目。当前研究海洋微藻及微生物单细胞体系,探索基于人工智能的条件特异性拉曼光谱—多组学融合建模,服务于生物功能调控、环境适应机制解析与生态评估,致力于构建适用于复杂生态系统的单细胞表型解析方法。

代表性文章
  1. McCauley, B#, Sun, L#, Yu, R., Leeman, D., Huang, Y., Webb, A., & Dang, W. Altered chromatin states drive cryptic transcription in aging mammalian stem cells. Nature Aging, 1.8 (2021): 684-697.

  2. Gong Y, Wang Q, …, Sun L*, Xu J*. Multi-dimensional epigenomic dynamics converge on H3K4-mediated regulation of low-CO2 adaptation in Nannochloropsis oceanica. Plant Communications 6.12 (2025).

  3. Zhang Y, Jing G, ..., Xu J*, Sun L*, RamEx: an R package for high-throughput microbial ramanome analyses with accurate quality assessment. Microbiome. 2026.

  4. Sun L#, Liu X#, Zhou L#, …, Li C*. Shallow-water mussels (Mytilus galloprovincialis) adapt to deep-sea environment through transcriptomic and metagenomic insights. Communications Biology 8.1 (2025): 46.

  5. Xu T, Dai Y, Ge A, …, Liu J*, Sun L*, Xu J*, Ma B*. Ultrafast Evolution of Bacterial Antimicrobial Resistance by Picoliter-Scale Centrifugal Microfluidics. Analytical Chemistry 96.47 (2024): 18842-18851.

  6. Lü F, Zhang Y, Liang H*, Sun L*. Unsupervised classification of environmental marine microbes using a Raman spectra-based deep learning framework. Journal of Oceanology and Limnology (2025): 1-15.

  7. Sun L, Dang W. SIRT7 slows down stem cell aging by preserving heterochromatin: a perspective on the new discovery. Protein & Cell 11.7 (2020): 469-471.

  8. Liu L, Yan Z, Osia BA, Twarowski J, Sun L, Kramara J, …, Dang W, Ira G, Malkova A. "Tracking break-induced replication shows that it stalls at roadblocks." Nature 590.7847 (2021): 655-659.

地址: 山东省青岛市崂山区松岭路189号
Email:singlecell@qibebt.ac.cn

联系电话/传真:86-532-80662653/2654

Copy © 2013 青岛生物能源与过程研究所单细胞研究中心 保留所有权利

鲁ICP备12003199号-3 鲁公网安备37021202001256