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精彩回顾 | SCC Science Club(2024年第四期)

作者:中心办公室   时间:2024-04-11   点击数:

4月11日,单细胞中心举办了2024年度第四期SCC Science Club活动。本期活动邀请到了生物信息研究组的叶宇(硕士在读)作为主讲人。在活动中,叶宇向与会者介绍了哥伦比亚大学、杜克大学的研究团队在Nature Methods期刊上发表的题为Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis的文章。

当下,单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术因能深挖细胞异质性,在生物医学各领域应用愈发广泛,但海量单细胞数据也让传统手动细胞类型标注方式 “力不从心”,既耗时又需深厚专业知识。

值此关键之际,人工智能强势入局,GPT-4 更是其中翘楚,宛如 “及时雨” 般为行业困境带来转机。在生物信息学前沿阵地,以 Transformer 架构为基石的大模型应用正掀起研究热潮。诸如 Haotian Cui 团队,巧妙借力 Transformer 模型处理海量单细胞测序数据,成功孵化出 scGPT 基础模型,让学界得以深度洞察细胞与基因间的交互奥秘。

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本次报告紧扣 scGPT,抽丝剥茧般深入剖析 Transformer 模型运作机制,探寻其处理序列数据、灵活微调下游任务的精妙之处。叶宇还引领与会者一同研讨直接启用 GPT-4 进行细胞标注蕴含的潜力与潜藏的挑战,深度挖掘大规模预训练模型如何驱动单细胞组学分析迈向新高度,以及为未来科研勾勒何种可能性。

然而,GPT-4 也并非十全十美。分享会也谈及它面临的数据代表性不足、模型解释性欠缺、运行成本高昂以及隐私伦理等诸多挑战。可即便如此,参会者们依旧对其未来满怀期待,深信随着技术迭代、与生物信息学深度融合,GPT-4 将在疾病诊断、药物研发等更多领域大放光芒,还会优化交互体验、强化隐私防护。

这场分享会不仅是知识的盛宴,更是思维碰撞的舞台,激励科研人员紧跟前沿,用新技术解锁生物医学更多奥秘,为人类健康福祉添砖加瓦。

SCC Science Club是单细胞中心自2022年起组织策划的一项长期活动。活动将秉持“分享科学·交流感悟”精神,努力为大家提供一个能畅所欲言、互通有无、取长补短的学术交流环境,欢迎感兴趣的老师同学积极参与。2024年度第三期学术沙龙正在有序筹备中,您可以关注本公众号,及时获取详细信息。

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