6月8日,南方科技大学董涛教授、夏雨助理教授受邀参加青岛能源所主办的“名师讲坛”暨微生物组/单细胞探测前沿讲座并做报告。讲座由单细胞中心马波研究员主持。
首先,董教授做了题为“细菌六型蛋白分泌系统(T6SS)介导的细菌间相互作用机制”的报告。
对于有限的资源和空间的激烈竞争使得细菌在复杂菌群中的存活面临着多重挑战。了解细菌间的相互作用机制对理解微生物进化的驱动力和开发用于治疗疾病的菌群调控工具十分重要。T6SS是一种广泛存在的细菌蛋白运输工具,在种间相互作用中发挥攻击和防御的双重作用,使细菌能够刺破邻近细胞并释放功能多样的毒性蛋白。
董教授讲解了细菌通过T6SS采用的各种攻击和防御策略,以及这些策略如何影响菌群的整体结构和进化。他用生动的语言,让大家理解了T6SS的针状“武器”是如何将效应蛋白注射到周边其他微生物或真核宿主体内、T6SS“以牙还牙”的现象,还通过西瓜嗜酸菌能够利用其T6SS有效杀伤多种微生物这一优势,阐述了为微生物赋予更多能力的思考。
随后,夏教授就“复杂微生物群落中稀有物种的纳米孔选择性测序研究”进行了分享。
稀有物种是微生物群落中的重要成员,但由于其丰度低,很难被组装成完整的基因组。ReadUntil(RU)策略使纳米孔测序仪能够实时地对特定DNA分子进行选择性测序,这为富集稀有物种提供了潜在的方法。尽管通过RU弹出具有已知基因组序列的宿主DNA(例如人类宿主DNA)来富集稀有物种的方法已被广泛应用,但在群落组成不明的环境样品中,基于RU的稀有物种富集仍然存在难题,这是由于在这些样品中许多物种缺乏相应的参考基因组序列。因此,我们提出了metaRUpore来解决这个问题。MetaRUpore通过一段短时间的正常测序,确定出群落的大致结构和高丰度物种的组成,以形成进行选择性测序所需的参考序列。metaRUpore成功将测序通量从高丰度种群转移到稀有物种,并促进了稀有物种的高质量基因组(high-quality metagenome-assembled genomes, HQ-MAGs)的组装。该方法简捷且稳定,适用于具有中等计算资源的实验室,并有可能成为未来对复杂微生物群落进行宏基因组纳米孔测序的标准方法。
夏教授与参会师生分享了使用纳米孔测序得到的成果以及数年的使用心得,向观众讲述自己与纳米孔测序的结缘及对纳米孔测序技术未来发展道路的期许。同时,她还拓展介绍了解析微生物种间互作机制的空间基因组学和解析群落功能多样性的长片段宏基因组学,并和与会人员就研究中遇到的问题进行了探讨。
报告结束后,与会师生纷纷提问,通过两位教授深入浅出的讲解,大家深受启发。马波研究员及中心技术骨干与两位教授在活动结束后就今后的合作进行讨论。